مجله پژوهشهای جانوری (مجله زیست شناسی ایران)(علمی)

مطالعه ساختار جمعیتی هامور معمولی Epinephelus coioides (Hamilton, 1822) با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره در خلیج فارس

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، گروه بیولوژی دریا

2 دانشگاه خلیج فارس بوشهر، مرکز مطالعات و پژوهشهای خلیج فارس، گروه بیوتکنولوژی دریا

3 خرمشهر، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، گروه بیولوژی دریا

27113

چکیده

ساختار جمعیتی Epinephelus coioides، هامور معمولی، در خلیج فارس از نظر 6 جایگاه ریزماهواره پلی مورف مورد بررسی قرار گرفت. 5-3 گرم از بافت نرم هر کدام از 120 نمونه صید شده از 4 ایستگاه تهیه گردید. استخراج DNA با استفاده از روش استاندارد استات آمونیوم انجام وکمیت و کیفیت آن با روش­های اسپکتروفتومتری و الکتروفورز بر روی ژل آگارز 1 درصد بررسی شد. قطعات DNA در دستگاه PCR تکثیر شده سپس بر روی ژل پلی اکریلامید رانده شد و رنگ آمیزی با کمک نیترات نقره صورت گرفت. میانگین پارامترهای ژنتیکی شامل آلل­های واقعی و موثر برای تمامی لوکوس­ها و جمعیت­ها، بترتیب 458/5 و 793/3، همچنین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و قابل انتظار بترتیب 500/0 و 649/0 می­باشد. آزمون AMOVA بیشترین میزان Fst، (086/0) و کمترین میزان جریان ژنی (652/2=Nm) را بین دو جمعیت خوزستان و بوشهر، کمترین میزان Fst، (034/0) و بیشترین میزان جریان ژنی (070/7=Nm) را بین دو جمعیت دیر و بندرعباس نشان داد. جمعیت خوزستان جدایی نسبی را در قیاس با سایر جمعیت­های مورد مطالعه نشان می­دهد، بنابر این اعمال مدیریت شیلاتی جداگانه توصیه می­گردد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Survey of Population Structure of Orange-spotted Grouper, Epinephelus coioides (Hamilton, 1822), Using Microsatellite Markers in the Persian Gulf

نویسندگان [English]

  • hamed ghenaatian 1
  • mohammad ali salari 1
  • mahdi mohammadi 2
  • hosssein zolgharnein 3
  • seyed ahmad ghasemi 2

چکیده [English]

Population structure of Epinephelus coioides (Hamilton, 1822), Orange-spotted grouper, was studied based on six polymorphic microsatellite loci in the Persian Gulf waters. 3-5 gr of each individual’s soft tissue were prepared through 120 hunted individuals of 4 sampling stations. DNA extraction was performed using a standard ammonium/acetate method. Quantification and quality control of DNA were done using spectrophotometery method and 1% agarose gel electrophoresis. DNA fragments was amplified via PCR and the products were run on polyacrylamide gel. Staining of the gels was performed through silver nitrate. Statistical analysis represented mean of genetic parameters include real and effective alleles, observed and expected heterozygosity for over loci in all populations, 5.458, 3.793, 0.500 and 0.649 respectively. The AMOVA test showed maximum rate of Fst (0.086) and minimum rate of Nm (2.652) between Khuzestan and Bushehr populations; Also minimum rate of Fst (0.034) and maximum rate of Nm (7.070) were between Dayyer and Bandar-Abbas populations. Khuzestan was the ultimate population and results were showed an intermediate separation from other studied populations; thereby separated fisheries management is recommended.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Population structure
  • Genetic diversity
  • microsatellite
  • Persian Gulf
  • Epinephelus coioides

مطالعه ساختار جمعیتی هامور معمولی Epinephelus coioides (Hamilton, 1822) با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره در خلیج فارس

حامد قناعتیان1، محمد علی سالاری علی آبادی1*، مهدی محمدی2، حسین ذوالقرنین1 و سید احمد قاسمی2

1خرمشهر، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، گروه بیولوژی دریا

2بوشهر، دانشگاه خلیج فارس بوشهر، مرکز مطالعات و پژوهشهای خلیج فارس، گروه بیوتکنولوژی دریا

تاریخ دریافت: 28/8/90               تاریخ پذیرش: 23/5/91

چکیده

ساختار جمعیتی Epinephelus coioides، هامور معمولی، در خلیج فارس از نظر 6 جایگاه ریزماهواره پلی مورف مورد بررسی قرار گرفت. 5-3 گرم از بافت نرم هر کدام از 120 نمونه صید شده از 4 ایستگاه تهیه گردید. استخراج DNA با استفاده از روش استاندارد استات آمونیوم انجام وکمیت و کیفیت آن با روش­های اسپکتروفتومتری و الکتروفورز بر روی ژل آگارز 1 درصد بررسی شد. قطعات DNA در دستگاه PCR تکثیر شده سپس بر روی ژل پلی اکریلامید رانده شد و رنگ آمیزی با کمک نیترات نقره صورت گرفت. میانگین پارامترهای ژنتیکی شامل آلل­های واقعی و موثر برای تمامی لوکوس­ها و جمعیت­ها، بترتیب 458/5 و 793/3، همچنین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و قابل انتظار بترتیب 500/0 و 649/0 می­باشد. آزمون AMOVA بیشترین میزان Fst، (086/0) و کمترین میزان جریان ژنی (652/2=Nm) را بین دو جمعیت خوزستان و بوشهر، کمترین میزان Fst، (034/0) و بیشترین میزان جریان ژنی (070/7=Nm) را بین دو جمعیت دیر و بندرعباس نشان داد. جمعیت خوزستان جدایی نسبی را در قیاس با سایر جمعیت­های مورد مطالعه نشان می­دهد، بنابر این اعمال مدیریت شیلاتی جداگانه توصیه می­گردد.

واژه های کلیدی: ساختار جمعیتی، تنوع ژنتیکی، ریزماهواره، خلیج فارس، هامور معمولی

* نویسنده مسئول، تلفن: 09133555872، پست الکترونیکی: salari@kmsu.ac.ir

مقدمه

 

خلیج فارس در بر دارنده مجموعه­ای متنوع و بی نظیر از حیات وحش است. این پهنه آبی منحصر به فرد از آبهای بین المللی جدا بوده و تنها از طریق باریکه هرمز به آبهای آزاد مرتبط است. خلیج فارس زیستگاهی مناسب برای بسیاری از گونه­های گیاهی و جانوری محسوب می­شود. برخی از این گونه­ها در معرض خطر انقراض و یا تهدید جدی اکولوژیک قرار گرفته اند (3). هامور معمولی (Epinephelus coioides, Hamilton, 1822) از جمله با ارزش ترین و اقتصادی­ترین ماهیان خلیج فارس محسوب می­شود. تاکنون هیچ مطالعه­ای پیرامون تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیتی این گونه در خلیج فارس صورت نگرفته است، بنابراین مطالعه حاضر می­تواند پاسخگوی سوالات بسیاری پیرامون خصوصیات جمعیتی این گونه با ارزش و اقتصادی در خلیج فارس باشد.

هامور معمولی در لیست قرمز IUCN بعنوان گونه تقریباً تهدید شده قرار گرفته است. این گونه متعلق به خانواده Serranidae بوده و بهمراه دیگر اعضای جنس Epinephelus نقش مهمی در فعالیت­های جهانی آبزی پروری ایفا می­کند (4). زیستگاه طبیعی این گونه، جنگل های مانگرو نواحی گرمسیری و نیمه گرمسیری، آبسنگ­های ساحلی گل آلود، بسترهای آبی زیر جزر و مدی، آبسنگ­های مرجانی، مصب­ها و لاگون­هاست (6).

نشانگرهای DNA انقلابی در مطالعه ویژگی­های جمعیتی آبزیان بوجود آورده است (12). توالی­های DNA یا ژنها که می­توانند جهت شناسایی افراد یا گونه­ها استفاده شوند، نشانگرهای ژنتیکی­اند. این نشانگرها باید براحتی قابل شناسایی، متعلق به جایگاه خاصی از ژنوم و دارای پلی مورفیسم بالا باشند (14). ریزماهواره ها (میکروستلایت­ها) یا توالی­های ساده تکرار شونده (SSRs)، توالی­های تکراری 6-1 جفت باز از DNA می­باشند. تنوع بالای ریز ماهواره­ها بدلیل میزان بالای جهش در مقایسه با سایر نقاط­DNA است. کاربرد و تفسیر نتایج نسبتاً ساده، تشخیص پلی مورفیسم بالا، فراوانی زیاد در ژنوم یوکاریوتها، هم بارز بودن و تبعیت از توالی های ساده مندلی و در نتیجه امکان تشخیص افراد هتروزیگوت، امکان استفاده از آغازگرهای ریز ماهواره­ای یک گونه در گونه­های نزدیک و سیستم چند آللی از ویژگی­های بارز این نشانگر است (22 و 23).

اطلاعات بدست آمده به کمک نشانگرهای مولکولی، درک بهتر از تنوع ژنتیکی گونه­های دریایی نظیر هامور معمولی را هموار کرده، همچنین اطلاعات پیرامون فاصله ژنتیکی جمعیت­ها که در مدیریت شیلاتی و آبزی پروری حائز اهمیت است، فراهم می­نماید. هدف از انجام این تحقیق ارائه اطلاعات بیشتر در مورد ساختار ژنتیکی جمعیت­های گونه هامور معمولی و تعیین تنوع ژنتیکی و شناسایی اختلافات ژنتیکی احتمالی موجود در بین جمعیت­های خوزستان، بوشهر، دیر و بندرعباس می­باشد.

مواد و روشها

این پژوهش در آبهای سواحل شمالی خلیج فارس صورت گرفت و برای پوشش کامل منطقه دو ایستگاه در منتهی الیه شرقی و غربی و دو ایستگاه در مناطق میانی بطوری که از فاصله جغرافیایی مناسبی برخوردار باشند در نظر گرفته شد (شکل 1). پس از مشخص کردن ایستگاه­های مناسب، 5-3 گرم از بافت نرم هر کدام از 120 نمونه صید شده هامور معمولی (هر ایستگاه 30 نمونه) تهیه گردید. نمونه­های تهیه شده از 4 ایستگاه (خوزستان، بوشهر، دیر و بندرعباس) در اتانول خالص (96 درصد) فیکس شده، به آزمایشگاه بیوتکنولوژی مرکز مطالعات و پژوهش­های خلیج فارس انتقال یافت. نمونه­برداری طی ماه­های خرداد و تیر 1389 صورت گرفت.

 

شکل1. موقعیت ایستگاه های نمونه برداری، ایستگاه1: خوزستان (خور موسی و هندیجان)، ایستگاه2: بوشهر، ایستگاه3: دیر و ایستگاه4: بندرعباس

استخراج DNA با استفاده از روش استاندارد استات آمونیوم انجام و کمیت و کیفیت آن با روش­های اسپکتروفتومتری و الکتروفورز بر روی ژل آگارز 1 درصد بررسی شد. قطعات مورد نظر DNA توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) و به کمک 6 آغازگر (پرایمر) ریز ماهواره تکثیر شد. بدلیل این که آغازگر اختصاصی برای این گونه طراحی نشده از آغازگرهای گونه­های نزدیک استفاده گردید (جدول 1). پنج جفت آغازگر مربوط به گونه E. mera شامل Em-01، Em-03، Em-08 (17)، Em-07 و Em-10 (25) و یک جفت آغازگر دیگر مربوط به گونه E. quernus شامل CA-7 بودند (21). پرایمرهای ذکر شده با سفارش به شرکت بین المللی Metabion در آلمان تهیه شد.

 

جدول1- خصوصیات آغازگرها

جایگاه ریزماهواره 

توالی آغازگر 

(ᶿ/˚c)دمای اتصال  

Em-01 

F: 5’ –TATCTGGCAGAGGTTTTATT- 3’

R: 5’ –TTGGTTCTTATTGTTACTTT- 3’

49

Em-03 

F: 5’ –AATACGGACACACGCACA- 3’

R: 5’ –GAACACGACCCCTGCTAA- 3’

55

Em-07 

F: 5’ –ACTCTGCTCCCGCTTTGCTT- 3’

R: 5’ –TCTGTTTTGTCTCGCTTTTG- 3’

58

Em-08 

F: 5’ –CCCCCTCTATCTCTCCAC- 3’

R: 5’ –CAAATAAGGCACGCTCTC- 3’

55

Em-10 

F: 5’ –AAGACAAATAAATGCAGA- 3’

R: 5’ –ACCACAGGGGACTAAAGA- 3’

50

CA-7 

F: 5’ –CACAGTGAAATACTCATAAGTGATG- 3’

R: 5’ –CAAGATGCCTGGGTATTTTTGG- 3’

40

 

 

جهت جداسازی بهتر محصولات PCR، از الکتروفورز بر روی ژل پلی اکریلامید استفاده گردید. الکتروفورز عمودی برای هر ژل پلی اکریلامید با جریان 150 ولت به مدت 3 ساعت انجام شد. در نهایت ژل از صفحات شیشه­ای جدا شده، رنگ آمیزی توسط نیترات نقره انجام گردید (22). پس از عکس برداری از ژل ها، از نرم افزار LabImage 1D 2006 ver. 3.3.3 برای امتیاز دهی به باندها و محاسبه وزن مولکولی آنها، و از نرم افزار GeneAlex جهت آنالیزهای آماری (محاسبه تعداد آلل­های واقعی و مؤثر، هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار، Fst و جریان ژنی، فاصله و شباهت ژنتیکی) استفاده گردید (20). در نهایت دندروگرام فاصله ژنتیکی بر اساس معیار Nei (16) با استفاده از نرم افزار TFPGA ver. 1.3 رسم گردید (13).

نتایج

بررسی تیزی و شفافیت باند­های DNA بر روی ژل آگارز 1% به کمک UV transilluminator همچنین بررسی کمیت آنها بوسیله دستگاه اسپکتروفتومتری، نشان داد کیفیت و کمیت DNA استخراجی مناسب بوده و میزان OD260/OD280، عموماً بین 8/1 تا 2 است. آنالیزهای آماری نشان داد میانگین آلل­های واقعی برای تمامی لوکوس ها و در هر جمعیت بین 667/4 (خوزستان) و 333/6 (بندرعباس) بوده و میانگین آلل­های مؤثر برای تمامی لوکوس ها و در هر جمعیت بین 621/3 (دیر) و 559/4 (بندرعباس) می­باشد. میزان هتروزیگوسیتی مشاهده شده بین 493/0 (دیر) و 513/. (خوزستان) و میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده برای تمامی لوکوس­ها و جمعیت­ها، 500/0 نشان داده شد. بالاترین میزان شاخص شانون برای جمعیت بندرعباس (352/1) و پایین­ترین میزان برای جمعیت خوزستان (222/1) بدست آمد (جدول 2).

بررسی میزان انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ به کمک آزمون مربع کای (05/0>P) نشان داد همه جمعیت­ها در تمامی لوکوس­ها به استثنای جمعیت خوزستان در لوکوس Em-10 خارج از تعادل هاردی-واینبرگ هستند. بیشترین میزان Fst و کمترین میزان جریان ژنی بر اساس آزمون AMOVA در سطح خطای 1%، بترتیب 086/0 و 625/2 بین جمعیت­های خوزستان و بوشهر، همچنین کمترین میزان Fst و بیشترین میزان جریان ژنی بترتیب 034/0 و 070/7 بین جمعیت­های دیر و بندرعباس گزارش شد (جدول 3).

 

 

جدول2- میانگین پارامترهای ژنتیکی برای تمامی لوکوس ها در هر جمعیت

جمعیت

N

Na

Ne

I

Ho

He

F

خوزستان

000/30

667/4

271/3

222/1

513/0

655/0

267/0

بوشهر

000/30

833/5

721/3

275/1

494/0

635/0

335/0

دیر

000/30

000/5

621/3

269/1

493/0

645/0

368/0

بندرعباس 

000/30

333/6

559/4

352/1

500/0

661/0

365/0

میانگین

000/30 

458/5 

793/3 

280/1 

500/0 

649/0 

334/0 

           N = تعداد نمونه­ها، Na = تعداد آلل­های واقعی، Ne = تعداد آلل­های مؤثر، I = شاخص تنوع شانون، Ho = هتروزیگوسیتی

            مشاهده شده، He = هتروزیگوسیتی مورد انتظار

 

 

جدول3- میزان جریان ژنی و Fst بین جمعیت های مناطق خوزستان، بوشهر، دیر و بندرعباس بر اساس آزمون AMOVA در سطح خطای 1% (مقادیر زیر خط قطری نشان دهنده مقدار Fst و مقادیر بالای خط قطری نشان دهنده میزان جریان ژنی می باشد).

مناطق

خوزستان 

بوشهر

دیر 

بندرعباس

خوزستان 

***

652/2

294/5

508/3

بوشهر

086/0

***

013/5

204/5

دیر 

045/0

048/0

***

070/7

بندرعباس

067/0

046/0

034/0

***

ماتریکس جفت جمعیتی فاصله ژنتیکی بر اساس معیار Nei نیز بیشترین فاصله ژنتیکی را بین جمعیت­های بوشهر و خوزستان (226/0) و کمترین فاصله ژنتیکی را بین جمعیت­های دیر و بندرعباس (105/0) نشان داد (جدول4). دندوگرام فاصله ژنتیکی بر اساس معیار Nei با استفاده از نرم­افزار TFPGA نیز این مسئله را نشان داد (شکل2).  

جدول4- ماتریکس جفت جمعیتی فاصله ژنتیکی بر اساس معیار 1972 Nei,

جمعیت ها

خوزستان

بوشهر

دیر

بندرعباس

خوزستان

000/0

-

-

-

بوشهر

226/0

000/0

-

-

دیر

169/0

134/0

000/0

-

بندرعباس

159/0

138/0

105/0

000/0

 

 

 

 

 

 

شکل2. دندوگرام فاصله ژنتیکی بر اساس معیار 1972 Nei, (1: خوزستان، 2: بوشهر، 3: دیر، 4: بندرعباس).


بحث و نتیجه گیری

تعداد افرادی که در هر نمونه­برداری انتخاب می­شوند، نکته مهمی در مطالعه ژنتیک جمعیت­ها و ساختارشان است. در مطالعه­ای مشابه بر روی هامور معمولی در آبهای تایلند، محققان تعداد50-30 نمونه به ازای هر ایستگاه انتخاب کردند (4)، این تعداد در برخی پژوهش­ها کمتر (24) و در برخی دیگر بیشتر است (1، 2 و 11). بر اساس نظریه O’Connell تعداد 50 نمونه و شناسایی 10-5 آلل در کل برای مطالعه ساختار جمعیت­ها کافی است (19). بنابراین تعداد 30 نمونه صید شده از هر ایستگاه و در مجموع انتخاب 120 نمونه برای این مطالعه مناسب بوده است.

همان طور که ذکر شد بدلیل طراحی نشدن پرایمر اختصاصی E. coioides، از پرایمرهای اختصاصی گونه­های نزدیک یعنی E. mera و E. quernus استفاده شد. استفاده از پرایمر گونه­های نزدیک در مطالعات ممکن است موجب بروز اشتباهاتی نظیر جهش­های نقطه­ای یا بروز آلل­های نول شود (10). بنابراین این مسئله از محدودیت­های مطالعه حاضر و مطالعات مشابه بوده، لذا تلاش برای طراحی و ساخت آغازگرهای اختصاصی گونه مورد مطالعه توصیه می­شود. آزمون مربع کای نشان داد تمامی جمعیت­ها در تمامی لوکوس­ها باستثنای یک مورد خارج از تعادل هاردی-واینبرگ هستند. جمعیت­ها احتمالاً بدلیل فراوانی هموزیگوت­ها، خارج از تعادل هاردی-واینبرگ هستند. درون آمیزی، در نتیجه جمعیت موثر کوچک و یا تعداد نامساوی والدین نر و ماده ممکن است دلایل انحراف از تعادل باشند (4، 8 و 26). حضور آلل­های نول در برخی لوکوس­ها و جمعیت­ها می­تواند از دیگر دلایل این امر محسوب شود (8 و 26). گاهی اوقات فراوانی هموزیگوت­ها و انحراف از تعادل ممکن است بدلیل حضور افراد کاملاً خویشاوند در نمونه باشد که نمی­توانند معرفی از کل جامعه باشند (15).

میزان هتروزیگوسیتی و تعداد آلل­های مشاهده شده (333/6 – 667/4Na =؛ 513/0 – 493/0 Ho =) در هامور معمولی تقریباً با آنچه در دیگر گونه­های epinephelin گزارش شده همخوانی دارد (17 و 21). از سوی دیگر با وجود اینکه لاروهای ماهی تقریباً ساکن هامور معمولی، پلاژیک­اند و توانایی ذاتی پراکنش بالایی دارند، در مقایسه با ماهیان مهاجر نظیر yellowtail king fish با 729/0Ho= (18) و یا شیر ماهی با 988/0Ho= (3) هتروزیگوسیتی نسبتاً پایینی دارند.

ساختار جمعیتی هامور معمولی (54/0Fst =) در مقایسه با آنچه در ماهیان پلاژیک گزارش شده، yellowtail kingfish با 046/0 Fst = (18) و شیر ماهی با 031/0Fst =  (3) و در مقایسه با گونه­های کفزی نظیر vermillion snapper با 004/0 Fst = (5) و dusky grouper  با 018/0 Fst = (7)، قویتر است. این ساختار جمعیتی قوی پیشنهاد می­کند که جمعیت هامور ماهیان کوچک و قرنطینه است و دلبستگی به زیستگاه و حس قلمرو طلبی در نرها بالاست (4 و 9). چنین خصوصیاتی موجب تمایز جمعیت­ها می­شود.

بطور کلی تمایز ژنتیکی در میان جمعیت­های مورد مطالعه پایین است و این مسئله می­تواند موجب کاهش سازش پذیری این موجود در مقابل تغییرات محیطی شود. دندروگرام فاصله ژنتیکی چکیده­ای از تمام پارامترها را نشان می دهد. طبق این نمودار دیر و بندرعباس نزدیکترین جمعیت­ها به هم بوده و خوزستان دورترین جمعیت از سایرین است. گرچه تمایز ژنتیکی بین جمعیت­ها کم است اما این واقعیت که جمعیت خوزستان نسبتاً از سایر جمعیت­ها جدا شده واضح و آشکار است. تخریب زیستگاه، بستر متفاوت، آلودگی محیط و فشارهای زیست محیطی بطور کلی، می توانند از دلایل عمده وقوع چنین پدیده­ای باشند. از سوی دیگر بندرعباس متنوع­ترین جمعیت مورد مطالعه است. بنابراین اعمال مدیریت جداگانه بر این جوامع منطقی بنظر می­رسد. ایجاد محدودیت های صیادی در دوره تخم ریزی، پایش اثرات طبیعی و فعالیت­های انسانی بر جوامع وحشی هامور معمولی فواید انکار­ناپذیری در بر خواهد داشت.

تشکر و قدردانی

ضمن تشکر از اساتید و کارکنان مرکز مطالعات و پژوهشهای خلیج فارس و دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، از زحمات بی شائبه مهندس مصطفی کامیاب که در تمامی مراحل این پژوهش همراه ما بودند همچنین مهندس محمد رضا صحرائیان، مهندس مجتبی نادری و مهندس صدرالدین مقدم که در مرحله نمونه­برداری ما را یاری نمودند قدردانی می­گردد.  

  1. ابدالی، ن.، حسینی مزینانی، م.، عطایی، س.، حسینی، س. م.، و نقوی، م. ر.، 1390. بررسی میزان تنوع در چهار رقم زیتون ایرانی بامطالعه صفات مورفولوژیک و نشانگرهای مولکولی RAPD. مجله زیست شناسی ایران. جلد 24، شماره 6. صفحات 879-868.
  2. حاجی کرم، م.، نقوی، م. ر.، طالعی، ع. ر.، و آقایی، م. ج.، 1390. بررسی تنوع ژنتیکی نمونه­های Aegilops tauschii نواحی شمالی ایران با استفاده از نشانگرهای SSR. مجله زیست شناسی ایران. جلد 24، شماره 3. صفحات 399-390.
  3. عابدی، ا.، ذوالقرنین، ح.، سالاری علی آبادی، م. ع.، محمدی، م.، و قاسمی، س. ا.، 1389. بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت­های شیر­ماهی Sccomberomorus commerson در خلیج فارس با استفاده از نشانگرهای میکروستلایت. پایان نامه کارشناسی ارشد. دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر. 109 ص.
    1. Antoro, S., Na-Nakorn, U., and Koedprang, W., 2006. Study of Genetic Diversity of Orange-Spotted Grouper, Epinephelus coioides, from Thailand and Indonesia Using Microsatellite Markers. Marine Biotechnology, 8: 17–26.
    2. Bagley, M. J., Linquist, D. G., and Geller, J. B., 1999. Microsatellite Variation, Effective Population Size, and Population Genetic Structure of Vermillion Snapper, Rhomboplites aurorubens, off the Southeastern USA. Marine Biology, 134: 609620.
    3. Cornish, A., and Harmelin-Vivien,  M., 2004. Epinephelus coioides. 2006 IUCN Red List of Threatened Species.
    4. De Innocentiis, S., Sola, L., Cataudela, S., and Bentzen, P., 2001. Allozyme and Microsatellite Loci Provide Discordant Estimates of Population Differentiation in the Endangered Dusky Grouper (Epinephelus marginatus) within the Mediterranean Sea. Mol Ecol, 10: 2163–2175.
    5. Garcia de Leon, F. J., Chiki, L., and Bonhomme, P., 1997. Microsatellite Polymorphism and Population Subdivision in Natural Populations of European Sea Bass, Dicentrarchus labrax (Linnaeus, 1758). Mol Ecol, 6: 51–62.
    6. Heemstra, P. C., and Randall, J. E., 1993. FAO Species Catalogue. Groupers of the World (Family Serranidae, Subfamily Epinephelinae). An Annotated and Illustrated Catalogue of the Grouper, Rockcod, Hind, Coral Grouper and Lyretail Species Known to Date. FAO Fish. Synop, 125(16), P: 382.

 

10. Jarne, P., and Lagoda, P. J. L., 1996. Microsatellites, from Molecules to Populations and Back. Trends in Ecology and Evolution, 11: 424-429.

11. Larsson, L. C., Liker, L., Palm, S., Andre, C., Carvalho, G. R., and Ryman, N., 2007. Concordance of Allozyme and Microsatellite Differentiation in a Marine Fish, but Evidence of Selection at a Microsatellite Locus. Molecular Ecology, 16: 1135–1147. 

12. Liua, Z. J., and Cordes, J. F., 2004. DNA Marker Technologies and Their Applications in Aquaculture Genetics. Aquaculture, 238 (2004). 1 –37.

13. Miller, M. P., 1997. Tools for Population Genetic Analysis (TFPGA) version 1.3. A Window Program for the Analysis of Allozyme and Molecular Population Genetic Data.

14. Murgia, C., Pritchard, J. K., Kim, S. Y., Fassati, A., and Weiss, R. A., 2006. Clonal Origin and Evolution of a Transmissible Cancer. Cell, 126(3): 477-87.

15. Na-Nakorn, U., Kamonrat, W., and Ngamsiri, T., 2004. Genetic Diversity of Walking Catfish, Clarias macrocephalus, in Thailand and Evidence of Genetic Introgression from Introduced Farmed C. gariepinus. Aquaculture, 240: 145–163.

16. Nei, M., 1972. Genetic Distance Between Populations. American Naturalist, 106: 283-292.

17. Nugroho, E., Takagi, M., Sugama, K., and Taniguchi, N., 1998. Detection of GT Repeats Microsatellite Loci and Their Polymorphism for Grouper of the Genus Epinephelus. Fish Sci, 64: 836–837.

18. Nugroho, E., Ferrel, D. J., Smith, P., and Taniguchi, N., 2001. Genetic Divergence of Kingfish from Japan, Australia and New Zealand Inferred by Microsatellite DNA and Mitochondrial DNA Control Region Markers. Fish Sci, 67: 843–850.

19. O'connell, M., Skibinski, D. O. F., and Beardmore, J. A., 1997. Absence of Restriction Site Variation in the mtDNA and ND6 Gene of Atlantic Salmon Amplified by the Polymerase Chain Reaction. Fish Biology, 47: 910-913.

20. Peakall, M., and Smouse, A., 2005. Gene Alex 6: Genetic Analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. The Australian national university, Canberra, Australia.

21. Rivera, M. A. J., Graham, G. C., and Roderick, G. K., 2003. Isolation and Characterization of Nine Microsatellite Loci from the Hawaiian Grouper Epinephelus quernus (Serranidae) for Population Genetic Analyses. Mar Biotechnol, 5: 126–129.

22. Salari Aliabadi, M. A., Rezvani Gilkolaei, S., Savari, A., Zolgharnian, H., and Nabavi, S. M. B., 2009. Population genetic structure of cobia (Rachycentron canadum) revealed by microsatellite DNA markers. Journal of Applied Biological Sciences, 3 (1): 96-100.

23. Schlottere, C., 2000. Evolutionary Dynamics of Microsatellite DNA. Springer-Verlag. London. U.K.

24. Shaowu, Y., Jingqiu, L., Hai Guohua, Ch., Ben, Zh., and Shu, Y., 2008. Genetic Polymorphism of Microsatellite DNA of Natural and Cultured Populations of Epinephelus malabaricus in the Sea Close to Hainan, China. Chin J Appl Environ Biol, 14 (2): 215-219.

25. Taniguchi, N., and Nugroho, E., 2000. Genetic Characteristics of Introduced Fishes and Study of Genetic Evaluation of Fish Genetics and Breeding. (Japan: Japan Seawater Fisheries Cultivation Association) (In Japanese). 141–188.

26. Valles-Jimenez, R., Cruz, P., and Perez-Enriquez, R., 2005. Population Genetic Structure of Pacific White Shrimp (Litopenaeus vannamei) from Mexico to Panama: Microsatellite DNA Variation. Marine Biotechnology, 6: 475–484.

 

مجله پژوهشهای جانوری (مجله زیست شناسی ایران)(علمی)
دوره 27، شماره 1 - شماره پیاپی 1
خرداد 1393
صفحه 126-133
  • تاریخ دریافت: 28 آبان 1390
  • تاریخ بازنگری: 11 تیر 1391
  • تاریخ پذیرش: 23 مرداد 1391